Projekts “Imūnie un mikrobioma faktori, kas ierosina kuņģa atrofiju: ieskats no peļu modeļiem un pacientu audu telpiskās transkriptomikas”

2024. gada 14. novembrī starp SIA “Rīgas Austrumu klīniskā universitātes slimnīca” un APP “Latvijas Biomedicīnas pētījumu un studiju centrs” tika noslēgts sadarbības līgums par dalību projektā “Imūnie un mikrobioma faktori, kas ierosina kuņģa atrofiju: ieskats no peļu modeļiem un pacientu audu telpiskās transkriptomikas” (turpmāk – projekts).

Projekts tiek īstenots Eiropas Savienības kohēzijas politikas programmas 2021.–2027. gadam 1.1.1. specifiskā atbalsta mērķa “Pētniecības un inovāciju kapacitātes stiprināšana un progresīvu tehnoloģiju ieviešana kopējā P&A sistēmā” 1.1.1.3. pasākuma “Praktiskās ievirzes pētījumi” 1. kārtas ietvaros.

Projekta identifikācijas Nr.: 1.1.1.3/1./24/A/034

Projekta kopējais finansējums: 656 455 EUR

Projekta īstenotājs: APP “Latvijas Biomedicīnas pētījumu un studiju centrs”

Sadarbības partneri: SIA “Rīgas Austrumu klīniskā universitātes slimnīca” (SIA “RAKUS”) un SIA “GenEra”

Projekta izpildes termiņš: 2025. gada 1. maijs – 2028. gada 30. aprīlis

Projekta kopsavilkums

Kuņģa vēzis ir trešais izplatītākais nāves iemesls vēža dēļ pasaulē, ik gadu izraisot vairāk nekā 720 000 nāves gadījumu, un paredzams, ka līdz 2040. gadam šis skaits pieaugs līdz 1,3 miljoniem nāves gadījumu. Klasiskā kuņģa vēža attīstība ietver iekaisumu, kam seko atrofija, iznīcinot parietālās šūnas un veidojot metaplastisku kuņģa gļotādu, kas galu galā veicina kuņģa vēža attīstību. Divi galvenie kuņģa atrofijas cēloņi ir Helicobacter pylori (H. pylori) infekcija vai autoimunitātes izraisīts gastrīts. Lai gan H. pylori infekcijas ārstēšana ir efektīva stratēģija kuņģa vēža riska samazināšanai, tikai līdz 3% inficēto indivīdu attīstās kuņģa vēzis. Autoimūna atrofiska gastrīta gadījumā līdz 12% attīstās kuņģa vēzis. Autoimūna atrofiska gastrīta ārstēšana ietver papildu mikroelementu un vitamīnu uzņemšanu mūža garumā, un vienīgā preventīvā pieeja ir ezofagogastroduodenoskopija agrīnai kuņģa vēža diagnosticēšanai. Tādēļ ir būtiski nepieciešama jaunu stratēģiju izstrāde kuņģa vēža profilaksei.

Projekta mērķis ir izpētīt mikrobioma un imūnos faktorus, kas ietekmē kuņģa atrofiju un zarnu metaplāzijas veidošanos pacientu audu paraugos, kā arī peļu modeļos ar izraisītu parietālo šūnu atrofiju un cilvēka kuņģa mikrobioma transplantāciju, lai izstrādātu profilaktiskas stratēģijas kuņģa vēža transformācijas novēršanai.

Lai sasniegtu pētījuma mērķi, tiks veiktas sekojošas darbības:

– tiks veikta cilvēka mikrobioma transplantācija peles modelī, izveidojot  specifisku mikrobioma profilu, lai secinātu, kā konkrētas sugas ietekmē kuņģa audus, tādejādi identificējot jaunus, iespējami kaitīgus mikrobioma profilus turpmākai atrofijas intervences izpētei,

– peles modelī ar kuņģa atrofiju tiks pētīts vai T šūnu modulatori (ciklosporīns un rapamicīns) spēj aizkavēt kuņģa metaplāzijas veidošanos un kādi papildu molekulārie ceļi ir iesaistīti šajā aizkavēšanā;

– tiks veikta mikrobioma, metatranskriptoma, audu transkriptoma sekvencēšana un histoloģiskā raksturošana, lai korelētu eksperimentu rezultātus un izvērtētu faktorus, kas izraisa atrofiju un meklētu potenciālos mehānismus tās aizkavēšanai;

– tiks veikta pacientu kuņģa audu paraugu telpiskās transkriptomikas analīze, kurā tiks izmantoti paraugi no tiem pašiem pacientiem, kuru kuņģa mikrobioma paraugi tika izmantoti peļu modeļa eksperimentos, lai integrētu datus potenciālo korelāciju noteikšanai un mērķētu stratēģiju izstrādei.

Sagaidāmie ieguvumi

Projekta rezultāti sniegs būtiskus atklājumus kuņģa vēža pētniecības jomā un palīdzēs izstrādāt jaunas pieejas kuņģa vēža profilaksei un agrīnai diagnostikai.

Projekta progress

2025. gada 1. maijs – 2025. gada 31. jūlijs

Šajā pārskata periodā tika uzsākta gatavošanās peļu eksperimentu īstenošanai. Veikta eksperimentu plānošana, notikusi sagatavošanās iepirkumu izsludināšanai, lai varētu iegādāties eksperimentiem nepieciešamos materiālus un reaģentus. Veikta papildus literatūras analīze. Sagatavots un iesniegts pieteikums Pārtikas un veterinārā dienesta dzīvnieku ētikas un labturības komitejai atļaujas saņemšanai plānoto dzīvnieku eksperimentu veikšanai. Paralēli, uzsāktas sarunas par sekvencēšanas veikšanu ar SIA “GEnEra” un ar SIA “RAKUS” par audu sagatavošanu un kvalitātes kontroli telpiskās transkriptomikas eksperimentiem.

2025. gada 1. augusts – 2025. gada 31. oktobris

Šajā pārskata periodā tika turpināta gatavošanās peļu eksperimentu īstenošanai. Veikta eksperimentu plānošana, kā arī nodrošināti nepieciešamie iepirkumi un iegādāti eksperimentiem nepieciešamie materiāli un reaģenti. Veikta papildus literatūras analīze. Iegūta Pārtikas un veterinārā dienesta dzīvnieku ētikas un labturības komitejas atļauja plānoto dzīvnieku eksperimentu veikšanai, un tikusi veikta laboratorijas peļu iegāde un aklimatizācija. Paralēli, tika turpināta sadarbība sekvencēšanas jomā, apspriežot pirmos plānotos eksperimentus ar SIA “GEnEra” un ar SIA “RAKUS” par audu sagatavošanu un kvalitātes kontroli telpiskās transkriptomikas eksperimentiem.